[12] Schrodinger Maestro : Sitemap

Sitemap

앞서 설명한 단백질 구조로부터 BInding Site를 Grid로 설정하는 방법에 대해 다루었다. 이전 링크

만약 Apo form의 단백질 혹은 BInding SIte가 규명되지 않았다면 어떻게 해야 할까? 관련 논문을 통해 Key amino acid를 찾는 것이 첫 번째 방법일 것이다. 많은 논문에서 아미노산의 Point Mutation 이용하여 활성의 변화를 통해 Key Role을 하는지 확인하는 실험방법을 사용한다. 특정 Pocket이 정의되지 않았다면, 아미노산의 서열 번호를 이용하여 Template를 설정할 수 있다.

만약 이 정보도 없는 상황이라면, Pocketable한 자리를 임의로 선정하여 Grid Template를 제작할 수 있다. 이때 Sitemap이라는 Job을 사용하면 가장 포켓처럼 생긴(Scoring) 공간부터 Surface로 표시를 해 준다. (물론, 이 공간의 약리학적 활성을 보장하지 않는다.)

SiteMap

Protein Preparation Wizard를 이용해 전처리가 끝난 후, SiteMap Job을 이용하여 위의 설정값을 변경한 후 Run을 누르면 아래와 같이 공간이 표시된 Surface를 얻을 수 있다. 이를 이용하여 Receptor Grid Generation의 중심 Grid를 설정할 수 있다.

SiteMap Surface